「大雄宝殿」是佛教寺院中供奉佛像的正殿。 「大雄」为释迦牟尼佛的尊号之一，意指佛陀具备无上的智慧与力量，能降伏四魔，故称大雄。

在大雄宝殿礼佛及进行早、晚课，又称「上殿」（粤音典din2）​​ ，是宝觉义学旧生共同的珍贵回忆。连接礼堂与东莲觉苑的拱形小桥，是学生们从校园走往东莲觉苑参加晚课的必经之路。进入大雄宝殿前，师生必须穿上白鞋、双手合十、保持肃静，依序沿左右两侧排队进入东单与西单。进殿后，随着法师向三宝佛合掌问讯、诵经，由法师领唱、佛学班同学带领，全体参与晚课，亲近三宝，学习佛教仪轨与大乘经典的读诵，接受佛法的薰陶。

大雄宝殿是整座寺院的核心，是僧众课诵修持、信众礼佛祈福的主要场所。大雄宝殿位于整座建筑中轴线的第三层，是全寺最为宽广、结构最为丰富，且层次分明的空间。置身于殿内，皆能感受到庄严肃穆、殊胜非凡的氛围。

与传统中式寺院横向布局不同，大雄宝殿因应地形狭长而采纵向设计，以高度添雄伟观感，并透过回廊增添可用空间。平面分为中厅与走道，末端设有形似西方教堂半圆壁龛的空间。整体采纵向空间轴线布置：入口处设有一座七层药师宝塔，其后供奉象征超越时空的三世佛，佛龛背后则是供奉观世音菩萨、文殊菩萨与普贤菩萨的观音殿。

殿内布局虽受西式建筑影响，但内外装饰仍以中式风格为主。大雄宝殿覆以歇山式屋顶配以黄色琉璃瓦，结构采西方钢筋混凝土建造，内部空间与整幢建筑等高，抬头可见现代托臂梁的屋顶构造。设计上融合了飞檐、斗栱等传统中式元素，并在用色与工艺上沿用中式传统技法。

这些细节可见于走道栏杆、墙面与天花的灰塑，以及门框与门板的雕饰，并以枋、隔架、藻井等装饰构件增添华丽感。在东莲觉苑的侧立面，可清楚看到大雄宝殿五开间的格局，以及屋脊上「二龙争珠」的精美装饰。 「立转窗」以交错木条构成几何图案，设转轴可左右推拉，不仅增添装饰趣味，开启时也不占空间。

自2020年9月起，本苑展开第一期建筑保育工程，重点集中于大雄宝殿外部与木窗的修复。以木窗为例，本苑保留状况良好的原件，并以传统工艺如入榫、𠝹坑、填塞麻根等——修补结构，既解决长期漏水的问题，又保留古朴雅致的原貌，充分体现「修旧如旧」的保育理念。历经多年保育维修，大雄宝殿于2025年佛诞日重新开放。